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一、提高土壤有机质含量。
经常施用有机肥能明显提高土壤有机质含量，有利于维持土壤有机质的稳定，改善土壤的理化性状。
二、促进土壤团粒结构的形成。
土壤有机质、碳酸钙和多糖类物质对土壤结构的稳定性有良好作用。施用有机肥比施用厩肥更能增加土壤有机质的含量，尤其是能产生较多的五碳糖、六碳糖和多糖。这特别有利于水稳性团粒的形成，如使大于0.25mm的水稳性团粒明显增加。
三、提供养分。
有机肥中含有作物需要的各种养分，有机肥的使用能明显提高耕层土壤中养分，尤其是钾的含量。1995年农业部对全国12个省份耕地的调查，耕地中磷含量较之1990年以前有所增加，而缺钾和缺微量元素的耕地面积却有所扩大，因此大力提倡秸秆还田有利于部分归还土壤钾素。
四、调节土壤的氮素供应。
微生物在分解C/N大的秸秆初期，要从土壤中吸收氮素组成自身的体细胞，导致土壤氮素的生物固定，起到了暂时保存氮素的作用。当微生物死亡后，这部分氮又分解释放。此外，有机肥的施用增加了土壤中的能源物质，也有利于生物固氮，有机肥料中的有机质含量可达30%左右，相关资料显示，每氧化1.0g碳素释放的能量，可供固氮微生物固定10~40mg氮素的需要。
五、提高土壤微生物和土壤酶的活性。
施用有机肥后微生物的数量明显增加，距离施有机肥处近的土壤尤为明显，这对加速有机态养分的释放，活化土壤中的养分有良好的作用。此外，有机肥还能减少某些作物的病害。
有机肥在农业生产中施用所显示的优点还包括：
1、营养平衡，促进作物生长，增产明显，肥效高；
2、改善农产品品质；
3、抑制病原菌，减轻病虫害；
4、疏松、改良土壤，减少土壤中硝酸盐的污染；
5、增加作物对水分的吸收、增强作物抗旱及抗倒伏能力；
6、经过科学的管理，可使种植的农作物达到国家绿色食品用肥标准“A级”或“AA级”。
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